近日，EON体育4平台/微生物代謝國家重點實驗室歐竑宇研究組在Science China Life Sciences發表了題為“SecReT6 update: a comprehensive resource of bacterial Type VI Secretion Systems”的論文🦋👩‍🎨，更新了細菌六型分泌系統開放數據庫SecReT6，提供六型分泌系統的高質量數據和新分析工具。

圖1. 細菌六型分泌系統數據庫SecReT6 更新版的框架(https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)

圖2. 預測和驗證鮑曼不動桿菌臨床分離株JS-A5、JS-A7和JS-A9借助六型分泌系統殺傷大腸桿菌的功能

六型分泌系統（Type VI secretion system，T6SS）是革蘭陰性菌中常見的細胞接觸依賴型跨膜裝置😴，在菌間拮抗和致病機製等方面發揮著重要的作用👩🏽。細菌六型分泌系統數據庫SecReT6更新版通過文獻挖掘和人工編審，系統地梳理了實驗驗證的T6SS裝置🙄、效應蛋白🤦🏿‍♂️、免疫蛋白👨🏽‍💻、附屬蛋白和調控因子等重要信息👩🏻‍💻，可視化地展示了細菌種屬、基因組、T6SS基因簇與相關蛋白之間復雜的映射關系。SecReT6還預測了NCBI收錄的二萬多個細菌基因組序列中的一萬多個T6SS🗯🦸🏿，提供了T6SS依賴型菌間拮抗作用預測工具等五款新的在線分析工具🤦🏽‍♂️。此外，該研究還描述了SecReT6的一個應用實例🧑🏿‍🌾，識別和鑒定了鮑曼不動桿菌臨床分離株中的T6SS🧑🏽‍⚕️🧑🏻‍🌾。基於T6SS依賴型菌間拮抗作用預測工具的分析結果👷🏼‍♀️，通過鮑曼不動桿菌和大腸桿菌的菌間競爭實驗，發現了鮑曼不動桿菌的T6SS依賴型菌間拮抗作用存在多種的不同形式，包括該研究已觀察到的🛀🏻：(i) 鮑曼不動桿JS-A5借助T6SS來殺傷大腸桿菌J53。(ii) 鮑曼不動桿JS-A9丟失了T6SS基因簇💇🏼‍♂️，不能殺傷大腸桿菌🤸🏻‍♀️。(iii) 鮑曼不動桿菌JS-A7中T6SS的表達受到H-NS家族蛋白HvrA的抑製🖋，殺菌功能處於沉默狀態🧏🏻；隨後的基因敲除和回補🏹👮🏽‍♂️、異源表達以及熒光定量PCR等實驗結果進一步表明🌧：鮑曼不動桿菌染色體的T6SS受到質粒編碼的H-NS蛋白的負向調控。SecReT6更新版提供的T6SS數據集和分析工具🪥，將有效地輔助實驗人員從海量細菌基因組數據中挖掘T6SS，進而開展T6SS的生物學功能研究🏄🏻。

論文鏈接：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-022-2172-x